没有发票的产学研合作协议在高企认定中可能不会被认可。

在高企认定中，产学研合作协议是重要的资料之一，是高新技术企业认定研发组织管理水平的重点资料之一。协议中的知识产权相关材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料，以及企业职工和科技人员情况说明材料等，都与高企认定的要求密切相关。

而发票是证明交易真实性和合法性的重要凭证，如果合作协议中没有发票，可能会影响合作项目在高企认定中的认可程度。因此，建议在签署产学研合作协议时，要明确发票的开具和支付等条款，确保合作项目能够顺利地被高企认定机构认可。

因此，高企认定申报用的产学研合作佐证材料，要记得除了上传产学研合作协议之外，还要附上产学合作费用发票。

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